殿堂入り後

ゲームクリア後、セーブデータをロードすると、主人公の家にいる。
お母さんと会話し、研究所でウツギ博士と会話。　「ふねのチケット」をもらう。

アサギシティの下の方に船乗り場がある。　入るとオーキド博士がポケモン図鑑を全国図鑑にアップグレードしてくれる。
船員と会話して、「こうそくせん　アクアごう」に乗る。
地下1Fに下りて、右下にいる船員と会話し、仲間を探すことになる。
1Fに戻って、入口のすぐ右の部屋のベッドで寝ている船員と会話してバトル。
勝利後、地下1Fの船員のいた場所が通れるようになるので、先の部屋の階段を上り、1Fの部屋の中で、少女と会話してかくれんぼをすることになる。
地下1Fの一番左端に少女がいるので会話するとイベント。　ジェントルマンから「メタルコート」をもらえ、同時にアクアごうはクチバこうに到着する。
船を出るとクチバシティ。

クチバシティのジムを攻略する。
ゴミ箱がたくさんあるが、その中のどれかにスイッチが隠されている。　スイッチを見つけたら、2番目のスイッチを探すのだが、1番目のスイッチの上下左右どれかのゴミ箱に隠されている。
リーダー「マチス」を倒し、バッジを手に入れる。

クチバシティを上に進み6番道路へ。　6番道路の上の方に地下通路があるので、地下通路を通り抜けて「ヤマブキシティ」へ。
ヤマブキシティのジムリーダー「ナツメ」を倒し、バッジを手に入れる。

ヤマブキシティを上に進み、5番道路も上に進むとハナダシティへ。
ハナダシティのジムは誰もいないので、今はバトルすることができない。

ハナダシティを右に進み、9番道路へ。
9番道路の一番右から「なみのり」で進み、「はつでんしょ」へ。
中央にいる所長と会話してから出ようとすると事態が進展する。

ハナダシティのジムに入るとイベント。
24番道路入ってすぐの場所にロケットだんがいるので会話してバトル。
25番道路と進み、25番道路の一番右側にある高台に入るとイベント。
これでようやくハナダのジムが稼働するようになる。　ジムリーダー「カスミ」とバトルして、バッジを手に入れる。
ジムから出る前に、ジムの中の一番奥にある浮き輪を調べて「きかいのぶひん」を手に入れておこう。　「きかいのぶひん」が見つからない場合は、24番道路のロケットだんを倒していません。

再び「はつでんしょ」に行き、所長に「きかいのぶひん」を渡すと、はつでんしょが動き出す。
※後半でシオンタウンに行った際に発電所が動いていないと進めません

ヤマブキシティに戻り、左から出て7番道路へ。　そのまま進むとタマムシシティ。
タマムシシティの下の方にいあいぎりで切れる木がある。　その先に進むとジムがあるので、ジムリーダー「エリカ」を倒して、バッジを手に入れる。

タマムシシティを左から出て16番道路へ。　16番道路を左に進みサイクリングロードへ（自転車必要）。
サイクリングロードになったら下に進んで、ゲートの先が18番道路。 18番道路を右に進むとセキチクシティ。
セキチクシティで、ジムリーダー「アンズ」とバトルし、バッジを手に入れる。

ヤマブキシティに戻り、右から8番道路に。 8番道路を右に進むと「シオンタウン」。
シオンタウンの右にある「ラジオとう」で局長と会話、「かくちょうカード」をもらって、ラジオがパワーアップする。
※ラジオがパワーアップしない場合は、ハナダシティの発電所の事件を解決していません。
シオンタウンを下に進んで12番道路を進み、途中で左に行くとゲートを超えて11番道路へ。
11番道路の左の方で、洞窟の入口にカビゴンが寝ている。
ポケギアで「ラジオ」を選んで、ラジオ番組を「ポケモンのふえ」にする。　ポケモンのふえは、ラジオのチューニングを中央の一番上にする。 ラジオを流したあと、カビゴンに話しかけるとバトルになる。（ぜひ捕まえておきたい）

カビゴンが邪魔をしていた洞窟は「ディグダのあな」。　ディグダの穴に入って通り抜けると2番道路。
2番道路に出てすぐ左を進むと、いあいぎりで切れる木があるので、切って上に進むとニビシティ。
ジムリーダー「タケシ」に勝利し、バッジをもらう。
フレンドリーショップの右側にいる老人と会話すると、ハートゴールドは「ぎんいろのはね」、ソウルシルバーは「にじいろのはね」をもらえる。
ルギア・ホウオウとバトルするためのアイテムです。

ニビシティから下に進んで、2番道路を下に進んで、トキワもりを通り抜けて、ひたすら下に進み続けるとトキワシティに到着。
今はトキワシティでは特にやることがない。
トキワシティを下に進み、1番道路を下に進むとマサラタウン。
ここは初代ポケモンの主人公の町で、オーキド博士の研究所もある。

マサラタウンから下に「なみのり」で進み21番水道を下に進むとグレンタウン。
グレウタウンから右に「なみのり」で進んで、22番水道の突き当りが「ふたごじま」。
ふたごじまに入ってすぐのはしごを上るとグレンジム。　ジムリーダー「カツラ」を倒してバッジを手に入れる。

グレウタウンに戻り、ポケモンセンターの左上にいる「グリーン」と会話。
トキワシティのジムに入れるようになっている。　ジムリーダー「グリーン」に勝利し、バッジを手に入れる。
これで16個全てのバッジが集まった。

ジムの外に出ると、オーキド博士から電話がかかってくる。
マサラタウンの研究所でオーキド博士から、ひでんマシン08「ロッククライム」をもらう。
「そらをとぶ」でセキエイこうげんにいき、ポケモンリーグで四天王とバトル。
四天王は前回よりかなり強くなっています。

「そらをとぶ」でチャンピオンロードへ。　すぐ上にある建物の中に入り、最初の十字路を左に進む。
28番道路を左に進むと「しろがねやま」。　ポケモンセンターがあるので、「そらをとぶ」で訪問できるように、一度中に入っておこう。

すぐ左側から「しろがねやまどうくつ」に入る。　山頂に行くだけなら「ロッククライム」があればよい。
洞窟の中に入ったり、洞窟の外に出たりしながら、山頂にいる「レッド」とバトル。　ハートゴールド・ソウルシルバーで最強のトレーナーだ。
「レッド」はポケモンリーグで殿堂入りすると復活するので、何度でも再戦することができる。

マサラタウンの研究所で、オーキド博士から「フシギダネ」「ヒトカゲ」「ゼニガメ」のどれか1匹をもらうことができる。
オーキド博士からポケモンをもらった後、ヨシノシティから上に進み、30番道路に一番右上にある「ポケモンじいさんのいえ」で、ハートゴールドは「あいいろのたま」、ソウルシルバーは「べにいろのたま」をもらえる。
タンバシティから左に進み洞窟に入るとシジマとのイベント。
47番道路を進み、最初の部屋ではしごを下りて水辺でなみのりをして、一番左まで進む。　ロッククライムできる場所があるので、上に上ると「うずもれのとう」がある。
うずもれのとうの中には、ハートゴールドなら「カイオーガ」、ソウルシルバーなら「グラードン」がいる。

ヤマブキシティのポケモンセンターの上の方に「ものまねむすめ」の家がある。　2Fでものまねむすめと会話。
クチバシティのポケモンセンターの左下に「だいすきクラブ」があるので、中でソファに座っている人と会話し「おとしもの」をもらう。
外に出るとダイゴとイベント。
ヤマブキシティに戻って、ものまねむすめと会話し「リニアパス」をもらう。
ヤマブキシティ中心部に「シルフカンパニー」があるので、中に入って受付の所にいるダイゴと会話。
ゲーム開始時にもらえるポケモンが、もう1匹だけもらえる。
「みどりのいし」を選ぶと、キモリ。
「あかいいし」を選ぶと、アチャモ。
「あおいいし」を選ぶと、ミズゴロウ。

タンバシティから右に進み41番水道へ。　41番水道の一番右上の島に入りたいので、うずしおを使って一番右上の島に入ろう。
うずまきじまではフラッシュが必須。　入ってすぐの分岐を上に進みはしごを下りる。　次のマップでもはしごを下りる。
道なりに下に進むと僧侶がいるので、「ぎんいろのはね」を見せて道を通してもらう。　坂を一番下まで下りた先にルギアがいる。